这个星球上生活着不可思议的生物“Pocket monster（宠物小精灵） ”，简称“pokemon（小精灵）”。现在开始讲述少年“小智”和宠物小精灵们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 立志成为小精灵训练大师的小智，胸中怀着新的理想，带着皮卡丘终于来到了神奥地区。与在路上认识的刚成为神奇宝贝协调训练家的小光以及长期的旅途伙伴小刚结伴为了追寻梦想和冒险开始新奥地区的旅程。
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